Завод је почео са радом 13. јула 1953. године када је Савез спортова Војводине на свом састанку донео одлуку о оснивању „Спортског института Војводине“ са седиштем у Новом Саду. Током свог постојања ова институција је разгранавала своју делатност прилагођавајући је потребама развоја физичке културе Покрајине, а у складу са тим мењала је и називе. Већ 23.јануара 1958 у „Центар за унапређивање физичке културе Војводине“. Центар се финансирао из средстава која му је додељивала комисија за физичку културу Војводине, затим из своје издавачке делатности, рада фото-филмске секције, разних услуга из области физичке културе и продаје средстава оних делатности центра које су се већ угасиле и основних средстава који више нису за ефикасну употребу. Радећи на наведеним задацима центар израста временом организацију која је попримила све више карактер научно-истраживачке институције.
Прве кризе јавиле су се оснивањем Факултета за физичку културу у Новом Саду, када највећи број стручних сарадника завода прелази у ту институцију, тако да је у једном тренутку завод остао само са два стално запослена радника на стручним пословима због којих је и основан, те је био приморан да почне из почетка. Након изузетно велике и дуге борбе завод опстаје одабиром и пријемом нових стручних сарадника долази опет период успешног рада, а посебно његовог повезивања са праксом.
Завод још неколико пута мења назив прво у „Републички завод за спорт са организационом јединицама у Новом Саду“ 17.децембра 1996 године. Међутим већ 27.јуна 2002 скупштина Војводине доноси одлуку о оснивању Покрајинског завода за спорт, тиме је отпочео нов период рада старог завода. И на крају у Покрајински завод за спорт и медицину спорта, ради усаглашавања назива Покрајинског завода за спорт са одредбом члана 30. Закона о спорту / “Сл. гласник РС“ бр. 24/2011/ иницирана је његова промена. Промена назива је извшена Покрајинском скупштинском одлуком о изменама и допунама Одлуке о оснивању Покрајинског завода за спорт, коју је Скупштина АП Војводине донела 24. јануара 2012. године, а иста је објављена у ‘Сл. листу АПВ“ бр. 1/2012. Покрајински завод за спорт и медицину спорта послује као установа у складу са прописима о јавним службама и има својство правног лица, са правима, обавезама и одговорностима утврђеним законом, одлуком о оснивању и статутом.
