Zavod je počeo sa radom 13. jula 1953. godine kada je Savez sportova Vojvodine na svom sastanku doneo odluku o osnivanju „Sportskog instituta Vojvodine“ sa sedištem u Novom Sadu. Tokom svog postojanja ova institucija je razgranavala svoju delatnost prilagođavajući je potrebama razvoja fizičke kulture Pokrajine, a u skladu sa tim menjala je i nazive. Već 23.januara 1958 u „Centar za unapređivanje fizičke kulture Vojvodine“. Centar se finansirao iz sredstava koja mu je dodeljivala komisija za fizičku kulturu Vojvodine, zatim iz svoje izdavačke delatnosti, rada foto-filmske sekcije, raznih usluga iz oblasti fizičke kulture i prodaje sredstava onih delatnosti centra koje su se već ugasile i osnovnih sredstava koji više nisu za efikasnu upotrebu. Radeći na navedenim zadacima centar izrasta vremenom organizaciju koja je poprimila sve više karakter naučno-istraživačke institucije.
Prve krize javile su se osnivanjem Fakulteta za fizičku kulturu u Novom Sadu, kada najveći broj stručnih saradnika zavoda prelazi u tu instituciju, tako da je u jednom trenutku zavod ostao samo sa dva stalno zaposlena radnika na stručnim poslovima zbog kojih je i osnovan, te je bio primoran da počne iz početka. Nakon izuzetno velike i duge borbe zavod opstaje odabirom i prijemom novih stručnih saradnika dolazi opet period uspešnog rada, a posebno njegovog povezivanja sa praksom.
Zavod još nekoliko puta menja naziv prvo u „Republički zavod za sport sa organizacionom jedinicama u Novom Sadu“ 17.decembra 1996 godine. Međutim već 27.juna 2002 skupština Vojvodine donosi odluku o osnivanju Pokrajinskog zavoda za sport, time je otpočeo nov period rada starog zavoda. I na kraju u Pokrajinski zavod za sport i medicinu sporta, radi usaglašavanja naziva Pokrajinskog zavoda za sport sa odredbom člana 30. Zakona o sportu / “Sl. glasnik RS“ br. 24/2011/ inicirana je njegova promena. Promena naziva je izvšena Pokrajinskom skupštinskom odlukom o izmenama i dopunama Odluke o osnivanju Pokrajinskog zavoda za sport, koju je Skupština AP Vojvodine donela 24. januara 2012. godine, a ista je objavljena u ‘Sl. listu APV“ br. 1/2012. Pokrajinski zavod za sport i medicinu sporta posluje kao ustanova u skladu sa propisima o javnim službama i ima svojstvo pravnog lica, sa pravima, obavezama i odgovornostima utvrđenim zakonom, odlukom o osnivanju i statutom.
